大肠杆菌D-乳酸脱氢酶(FAD)的分子克隆与酶学性质

冯静茹1,于立雪2,田康明1,牛丹丹1,王正祥1*

1(天津科技大学 化工与材料学院,天津,300457) 2(天津科技大学 生物工程学院,天津,300457)

摘 要 黄素腺嘌呤二核苷酸(flavine adenine dinucleotide,FAD)依赖型D-乳酸脱氢酶能够催化D-乳酸脱氢生成丙酮酸,是生物体代谢D-乳酸的关键酶。从大肠杆菌B0013基因组中克隆出D-乳酸脱氢酶(FAD依赖型)编码基因dld,并在大肠杆菌JM109中实现重组表达。重组D-乳酸脱氢酶在35 ℃和pH 7.0下表现出最高酶活力;在30~40 ℃和pH 5.0~7.5具有较好的稳定性;Zn2+对该酶有明显的激活作用,Mn2+、Cu2+、Mg2+和SDS对其有明显的抑制作用;该酶高度特异地作用于D-乳酸,在35 ℃、pH 7.0条件下对D-乳酸的Km值和Vmax值分别为0.057 mg/mL和0.054 μmol/(mL·min),kcat值为0.275 min-1,kcat/Km为0.435 mL/(mg·min)。该酶可用于D-乳酸的酶法定量检测。

关键词 大肠杆菌;D-乳酸脱氢酶(FAD依赖型);D-乳酸

乳酸是生物体厌氧代谢的重要有机酸,存在D-乳酸和L-乳酸2种光学构型[1]L-乳酸已经工业化生产并应用于食品、饲料、饮料和聚乳酸制备等行业[2]D-乳酸也是聚乳酸、药物合成等的重要原料[3]。由于人体不具有代谢D-乳酸的酶系,食品工业中使用的乳酸产品不希望有D-乳酸的存在[4]。现有乳酸含量测定多采用滴定法[5-6],无法区分乳酸的光学构型。D-乳酸测定方法完全依赖配有特定分离柱的高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)法[7-9]。因此,实现对D-乳酸的快速定量分析,是研究和开发利用D-乳酸的重要内容。

已有研究揭示,多种微生物具有以D-乳酸为唯一碳源生长的能力。这类具有代谢D-乳酸能力的微生物,通常能够表达一种以黄素腺嘌呤二核苷酸(flavine adenine dinucleotide,FAD)作为辅酶的氧化型乳酸脱氢酶,能够催化D-乳酸氧化脱氢为丙酮酸,同时将FAD还原为黄素腺嘌呤二核苷酸递氢体(flavine adenine dinucleotide,reduced,FADH2),所形成的丙酮酸则作为代谢中间体参与其生理代谢[10]。在真核微生物细胞中,FAD依赖型D-乳酸脱氢酶位于线粒体内膜的细胞质侧,是参与电子转移的外周膜呼吸组分;在原核细胞中,此酶主要位于细胞膜的内侧[11-12]。FAD依赖型D-乳酸脱氢酶的结构与其他FAD依赖型蛋白家族最显著的区别在于膜结合区域,有研究报道FAD依赖型D-乳酸脱氢酶的膜结合结构域呈阳性电荷表面,有6个Arg和5个Lys残基,可能与膜上带负电荷的磷脂头基团相互作用,使与膜的结合是通过静电力而非疏水力[13-14]。此外,以D-乳酸作为底物,在FAD依赖型D-乳酸脱氢酶作用下,转移2个电子和2个质子到电子传递链,该反应还与细胞的各种氨基酸和糖的主动运输有关[12,14]

通过对大肠杆菌基因组序列分析发现,大肠杆菌具有编码FAD依赖型D-乳酸脱氢酶的编码基因dld,但其性质和功能未被解析[15]。为此,本文通过分子克隆技术,对大肠杆菌dld基因进行克隆与表达,并对其表达产物的酶学性质进行了分析。研究结果可为酶法定量检测D-乳酸提供重要理论基础。

1 材料与方法

1.1 菌株与质粒

Escherichia coli JM109用于本研究的分子克隆与表达宿主,为本实验室保藏;E.coli B0013为本实验室前期分离保藏[15],用于本研究D-乳酸脱氢酶的编码基因dld的供体;pND-113为大肠杆菌分泌表达载体[16]

1.2 酶与试剂

限制性内切酶,宝生物工程(大连)有限公司;质粒提取试剂盒,Omega Bio-tec;胰蛋白胨、酵母浸粉,OXOID公司;吩嗪硫酸甲酯(phenazine methosulfate,PMS)、3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(3-(4,5-dimethyl-2-Thiazolyl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromide,MTT),Sigma-Aldrich;黄素腺嘌呤二核苷酸二钠盐水合物(FAD-Na2),国药集团化学试剂有限公司。

1.3 培养基

LB培养基(g/L):胰蛋白胨10,酵母抽提物5,NaCl 10,pH 7.0;加入20 g/L的琼脂为固体培养基。

1.4 基因克隆与重组菌构建

质粒DNA的提取、酶切、转化及转化子筛选等均采用实验室常规方法[17];使用试剂盒时按照试剂盒说明书进行。其中,在PCR过程中采用的寡核苷酸引物下划线部分为人工设计的BamH Ⅰ位点;lldA-R:5′-TTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTCCACTTC-CTGCCAGTTTTTCC-3′)由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。获得重组质粒后,提取其中的质粒DNA,通过Sanger法进行核苷酸序列测定,并通过UniProt、DNAMAN和MEGA-X进行生物信息学分析。

1.5 酶液制备、纯化与鉴定

从平板上挑取2~3个大小均一的单菌落接种于50 mL液体培养基中,在37 ℃、200 r/min条件下培养12 h,按照5%的接种量转接到50 mL LB液体培养基,在37 ℃、200 r/min条件下培养24 h,离心收集菌体。每50 mL发酵液收集到的菌体加10 mL缓冲液(含0.5%的TritonX-100)重悬,经细胞破碎仪破碎得到细胞裂解液,12 000 r/min,离心5 min,收集上清液,即为粗酶液[17]。将粗酶液经200~600 g/L(质量浓度)硫酸铵分级沉淀,再经PD-10脱盐柱和Ni-NTA纯化树脂预装柱进行纯化,通过酶活力测定和SDS-PAGE方法分析纯化情况,其中SDS-PAGE使用12%分离胶和5%浓缩胶。

1.6 酶活力测定

参照文献[18-19]进行改进。每毫升反应体系中包含20 mg/mL的PMS 5 μL,20 μmol/mL的FAD-Na2 5 μL,5 mg/mL的MTT 50 μL,1 mg/mL的D-乳酸500 μL,50 μL适当稀释的酶液,并用0.067 mol/L的pH 7.0的KH2PO4-K2HPO4缓冲液补足到1 mL。在35 ℃、pH 7.0的条件下反应20 min,冰浴5 min终止反应,测定570 nm下的吸光度。以灭活酶液作为对照。酶活单位(u)定义为:在35 ℃、pH 7.0的条件下,每分钟还原1 μmol MTT所需酶量定义为1个酶活力单位。

1.7 酶学性质分析

1.7.1 最适温度及热稳定性

在pH 7.5,分别测定20、25、30、35、40、45、50和55 ℃下的酶活力,以最高酶活力为100%,计算其他温度下的相对酶活力,进而确定最适反应温度。将酶液分别在30、35、40和45 ℃下保温处理150 min,每隔30 min取样,按1.6中方法测定剩余酶活力,以未经处理的酶液酶活力为100%,确定其热稳定性。

1.7.2 最适pH及pH稳定性

在最适反应温度下,用pH 5.0~8.5的缓冲液适当稀释酶液,测定对应pH条件下的酶活力,以最高酶活力为100%,计算其他pH条件下的相对酶活力,确定酶的最适反应pH。将酶液于不同pH 5.0~8.5、25 ℃条件下放置1 h,按1.6中方法测定残余酶活力,以未处理的酶液酶活力为100%,确定其pH稳定性。

1.7.3 金属离子及相关化学试剂对酶活力的影响

配制不同金属离子溶液(Na+、K+、Mg2+、Ca2+、Mn2+、Zn2+、Cu2+)和化学试剂(EDTA、SDS),将酶液分别与5 mmol/L的金属离子或化学试剂混合,按1.6中方法测定样本酶活力,以缓冲液代替金属离子或化学试剂作为对照,确定不同金属离子及化学试剂对酶活力的影响。

1.7.4 底物特异性

分别以1 mg/mL的D-乳酸、L-乳酸、丙酮酸、D-半乳糖醛酸、D-丙氨酸、丁二酸和α-酮戊二酸为底物,按1.6中方法测定该酶对不同底物的酶活力。

1.8 酶动力学参数测定

参照文献[20]进行。分别以0.01、0.02、0.05、0.10、0.50、1.00 mg/mL的D-乳酸为底物,在最适反应条件下按1.6中方法测定酶活力,采用双倒数法作图(Lineweaver-Burk法)并进行酶反应动力学参数计算。

2 结果与分析

2.1 dld的分子克隆表达与重组Dld(rDld)的制备与纯化

以大肠杆菌基因组B0013为模板,通过PCR扩增获得完整的D-乳酸脱氢酶基因片段dld,酶切后克隆入表达载体pND-113中,获得重组表达质粒pND-Dld。进一步采用双脱氧核苷酸链终止法对其进行核苷酸序列测定与分析,dld大小为1 497 bp,编码499个氨基酸残基,Dld的预测分子质量约为55 ku。经DNAMAN和MEGA-X分析发现,Dld氨基酸序列与来源于AchromobacterD-乳酸脱氢酶(A0A0M7 N8L3)相似程度最高,序列一致性为100%,与Klebsiella oxytoca(A0A181XSC2)、Raoultella planticola(A0A2X2EIS0)和Serratia(A0A084A2I9)的D-乳酸脱氢酶的序列一致性分别为91.3%、89.7%和67.2%,与其他来源的D-乳酸脱氢酶相似度较低(图1)。进一步通过UniProt分析发现,所克隆的Dld分子中的Glu468、Gln497和Ala527残基组成其催化活性中心,Gly143、Ser150、Gly160和Val262为FAD辅酶结合位点。其中,Leu303-Lys323和Lys484-Gly504可能构成其膜结合结构域(图2)。

图1 大肠杆菌Dld的系统发育树
Fig.1 The phylogenic tree of Dld from E.coli

图2 大肠杆菌Dld的3D模拟结构
Fig.2 The mimic 3D structure of Dld from E. coli

将含有重组表达质粒pND-Dld的菌株JM109(pND-Dld)摇瓶发酵24 h,离心收集菌体。经细胞破碎,离心收集上清液得到粗酶液。粗酶液经200~600 g/L(质量浓度)硫酸铵分级沉淀,再经PD-10脱盐柱和Ni-NTA纯化树脂预装柱进行纯化。结果如图3所示,纯化后rDld的分子质量约为55 ku。

M-蛋白质标准样品;1-粗酶液;2-纯化后酶液
图3 纯化后rDld的SDS-PAGE图谱
Fig.3 The SDS-PAGE profile of rDld

2.2 rDld的酶学性质

2.2.1 最适作用温度

在pH 7.5条件下,测定20~55 ℃ rDld的酶活力,结果汇总于图4-a。rDld的最适作用温度为35 ℃;温度上升到45 ℃时,相对酶活力显著降低至71.7%;当温度为55 ℃时,相对酶活力仅为8.1%。

2.2.2 最适作用pH

在最适温度下测定pH 5.0~8.5 rDld酶活力,获得了不同pH对酶活力的影响曲线(图4-b)。可知,rDld的最适作用pH值为7.0,pH 7.0~8.5酶活力变化较小;当pH由7.0降低到6.5时,酶活力下降较明显;而在pH 5.0时相对酶活力仅为15.2%。

2.2.3 热稳定性

将酶液在不同温度下保温150 min,定时取样分析剩余酶活力,结果见图4-c。rDld在30~40 ℃条件下孵育2 h后仍保留80%的酶活力;在45 ℃孵育0.5 h后其酶活力显著降低,其相对酶活力仅为59.6%,孵育1 h后相对酶活力仅剩31.3%。可以看出,rDld在30~40 ℃下具有较好的热稳定性。

2.2.4 pH稳定性

将酶液在不同pH缓冲液中室温放置1 h后测其剩余酶活力,结果见图4-d。rDld在pH 7.0和pH 7.5下具有较好的稳定性;在pH 5.0~6.5条件下保温1 h酶活力仍在85%以上;当在pH 8.0条件下孵育1 h,酶活力下降较明显,剩余酶活力为75%。

a-最适作用温度;b-最适pH;c-热稳定性;d-pH稳定性
图4 rDld的最适作用温度和pH及其稳定性
Fig.4 Optimal temperature and pH of rDld and its thermal and pH stability

2.2.5 金属离子和化学试剂对酶活力的影响

按照1.7.3中方法研究金属离子和化学试剂对酶活的影响,结果汇总于表1。7种常见金属离子和2种化学试剂中,Zn2+对rDld有明显促进作用。该性质与文献报道的Archaeoglobus fulgidus来源的D-乳酸脱氢酶添加Zn2+后酶活力大幅提高相类似[12]。Mn2+、Cu2+、Mg2+和SDS对rDld有明显的抑制作用。

表1 金属离子和化学试剂对酶活力的影响
Table 1 Effect of metal ions and chemicals on the enzyme activity

金属离子或化学试剂(5 mmol·L-1)相对酶活力/%对照100.0±1.23Na+90.15±1.78Ca2+76.35±1.06Mn2+38.35±0.57Zn2+130.30±4.81Cu2+18.80±0.28Mg2+34.25±0.78K+95.90±2.55SDS14.70±0.36EDTA 87.50±1.27

2.2.6 底物特异性

在最适反应温度和pH条件下,将酶液与1 mg/mL下的D-乳酸、L-乳酸、丙酮酸、D-半乳糖醛酸、D-丙氨酸、丁二酸和α-酮戊二酸反应,结果显示,rDld的最适底物为D-乳酸;rDld对丁二酸和α-酮戊二酸呈现出较低活性,对L-乳酸、丙酮酸、D-半乳糖醛酸和D-丙氨酸未表现出活性。

表2 rDld的底物特异性
Table 2 The substrate specificity of rDld

底物相对酶活力/%底物相对酶活力/%D-乳酸100.0±2.15丙酮酸0丁二酸18.60±0.39D-半乳糖醛酸0α-酮戊二酸5.89±0.18D-丙氨酸0L-乳酸0

2.3 rDld的动力学特征

分别以0.01、0.02、0.05、0.10、0.50、1.00 mg/mL的D-乳酸为底物,按1.6中方法,在最适反应条件下测定酶活。采用Lineweaver-Burk双倒数作图法,以1/[S]为横坐标,1/[V]为纵坐标,得到rDld的动力学相关特征参数,其中Km值和Vmax值分别为0.057 mg/mL和0.054 μmol/(mL·min),kcat值为0.275 min-1,kcat/Km为0.435 mL/(mg·min)。

3 结论

本研究成功获得了一种催化D-乳酸生成丙酮酸正向反应的FAD依赖型D-乳酸脱氢酶,并对其酶学性质进行了全面分析,为D-乳酸脱氢酶的进一步研究提供了可靠生物材料,也为D-乳酸的酶法定量检测方法的建立与应用提供了工具。

参考文献

[1] 田康明. 途径工程改造大肠杆菌转化甘油合成乳酸[D].无锡:江南大学,2013.

TIAN K M.Conversion of glycerol to lactic acid with metabolically engineered Escherichia coli[D].Wuxi:Jiangnan University,2013.

[2] 田康明, 周丽,陈献忠,等.L-乳酸的发酵生产和聚L-乳酸的化学加工[J].中国生物工程杂志,2011,31(2):102-115.

TIAN K M,ZHOU L,CHEN X Z,et al.Fermentation of L-lactic acid and synthesis of poly (L-lactic acid)[J].China Biotechnology,2011,31(2):102-115.

[3] 许婷婷, 柏中中,何冰芳.D-乳酸制备研究进展[J].化工进展,2009,28(6):991-996.

XU TT,BAI Z Z,HE B F.Advances in the preparation of D-lactic acid[J].Chemical Industry and Engineering Progress,2009,28(6):991-996.

[4] 周丽, 田康明,陈献忠,等.微生物发酵产光学纯度D-乳酸研究进展[J].中国生物工程杂志,2010,30(10):114-124.

ZHOU L,TIAN K M,CHEN X Z,et al.Advance in the production of optically pure D-lactic acid by microbial fermentation[J].China Biotechnology,2010,30(10):114-124.

[5] 郑志, 姜绍通,潘丽军.EDTA定钙法测定发酵液中乳酸含量的探讨[J].食品科学,2003,24(3):102-105.

ZHENG Z,JIANG S T,PAN L J.Study on methods for determination of lactic acid in fermented broth[J].Food Science,2003,24(3):102-105.

[6] 明恒磊, 于颖,刘杰,等.发酵液乳酸含量测定法中EDTA络合滴定钙指示剂的改进[J].食品工业科技,2012,33(9):387-389;397.

MING H L,YUY,LIU J,et al.Improved indicators in EDTA titration analysis of lactic acid in fermented broth[J].Science and Technology of Food Industry,2012,33(9):387-389;397.

[7] 潘艳虹, 刘冬梅,何叶子.手性柱色谱法测定酸奶及乳酸饮料中的L-乳酸及D-乳酸[J].中国乳品工业,2010,38(5):49-52.

PAN Y H,LIU D M,HE Y Z.Concentration measurement of L-lactic and D-lactic acid in yogurt and yogurt drinking by chiral column of HPLC[J].China Dairy Industry,2010,38(5):49-52.

[8] 张春燕, 房玉国,鄂来明.乳品中乳酸及乳酸盐的测定[J].中国乳品工业,2001,29(2):31-33.

ZHANG C Y,FANG Y G,E L M.The determination of lactic acid and its salts in dairy products[J].China Dairy Industry,2001,29(2):31-33.

[9] 罗建, 林标声,何玉琴,等.微生物发酵饲料中乳酸含量的测定方法比较分析[J].饲料博览,2012(5):37-39.

LUO J,LIN B S,HE Y Q,et al.Comparative analysis of analytical methods of lactic acid content in microbial fermentation feeds[J].Feed Review,2012(5):37-39.

[10] 黄艳娜, 许光涛,游春苹.乳酸菌中乳酸脱氢酶的研究进展[J].食品工业科技,2016,37(8):369-373.

HUANG Y N,XU G T,YOU C P.The research progress of the lactate dehydrogenases in lactic acid bacteria[J].Science and Technology of Food Industry,2016,37(8):369-373.

[11] SATOMURA T,KAWAKAMI R,SAKURABA H,et al.A novel flavin adenine dinucleotide (FAD) containing D-lactate dehydrogenase from the thermoacidophilic crenarchaeota Sulfolobus tokodaii strain 7:Purification,characterization and expression in Escherichia coli[J].Journal of Bioscience and Bioengineering,2008,106(1):16-21.

[12] REED D W,HARTZELL P L.The Archaeoglobus fulgidus D-lactate dehydrogenase is a Zn2+ flavoprotein[J].Journal of Bacteriology,1999,181(24):7 580-7 587.

[13] DYM O,PRATT E A,HO C,et al.Thecrystal structure of D-lactate dehydrogenase,a peripheral membrane respiratory enzyme[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,2000,97(17):9 413-9 418.

[14] SHIBAHARA T,SATOMURA T,KAWAKAMI R,et al.Crystallization and preliminary X-ray analysis of a dye-linked D-lactate dehydrogenase from the aerobic hyperthermophilic archaeon Aeropyrum pernix[J].Acta Crystallographica Section F:Structural Biology and Crystallization Communications,2011,67(11):1 425-1 427.

[15] ZHOU L,ZUO Z R,CHEN X Z,et al.Evaluation of genetic manipulation strategies on D-lactate production by Escherichia coli[J].Current Microbiology,2011,62(3):981-989.

[16] 牛丹丹, 靳晓,吴海洋,等.解淀粉芽胞杆菌α-淀粉酶高活力突变体的创建与性质研究[J].食品与发酵工业,2017,43(10):24-29.

NIU DD,JIN X,WU H Y,et al.Construction and properties of Bacillus amyloliquefaciens α-amylase mutant of improved catalytic efficiency[J].Food and Fermentation Industries,2017,43(10):24-29.

[17] 诸葛健, 王正祥.工业微生物实验技术手册[M].北京:中国轻工业出版社,1994.

ZHU G J,WANG Z X.Technical Manual of Industrial Microbiology Experiment[M].Beijing:China Light Industry Press,1994.

[18] KISTLER W S,LIN E C.Purification and properties of the flavine-stimulated anaerobicL-glycerophosphate dehydrogenase of Escherichia coli[J].Journal of Bacteriology,1972,112(1):539-547.

[19] OHSHIMA T,TANAKA S.Dye-linkedL-malate dehydrogenase from thermophilic Bacillus species DSM 465.Purification and characterization[J].European Journal of Biochemistry,1993,214(1):37-42.

[20] 刘雪莲, 申培立,牛丹丹,等.地衣芽胞杆菌α-淀粉酶耐热耐酸突变体的酶学性质[J].食品与发酵工业,2020,46(2):7-10.

LIU X L,SHEN P L,NIU D D,et al.Biochemical characterization of heat-and acid-resistant mutant of Bacillus licheniformis α-amylase[J].Food and Fermentation Industries,2020,46(2):7-10.

Molecular cloning and biochemical characterization of a FAD-dependent D-lactate dehydrogenase from Escherichia coli

FENG Jingru1,YU Lixue2,TIAN Kangming1,NIU Dandan1,WANG Zhengxiang1*

1(College of Chemical Engineering and Materials Science,Tianjin University of Science and Technology,Tianjin 300457,China) 2(College of Biotechnology,Tianjin University of Science and Technology,Tianjin 300457,China)

ABSTRACT FAD-dependent D-lactate dehydrogenase catalyzes the dehydrogenation of D-lactate to pyruvate,which is a key enzyme for metabolism of D-lactic acid.The coding gene dld of an FDA-dependent D-lactate dehydrogenase was cloned from the genome of Escherichia coli B0013 and expressed in E.coli JM109.The temperature and pH optima of the purified recombinant D-lactate dehydrogenase were 35 ℃ and 7.0,respectively,while good stability in 30-40 ℃ and pH 5.0-7.5 were revealed.The enzyme was significantly activated by Zn2+,while strongly inhibited by Mn2+,Cu2+,Mg2+ and SDS.It was highly specific for D-lactic acid,with Km of 0.057 mg/mL,Vmaxof 0.054 μmol/(mL·min),kcatof 0.275 min-1,and kcat/Kmof 0.435 mL/(mg·min) at 35 ℃ and pH 7.0.The enzyme is potentially applicable in quantitative detection of D-lactic acid.

Key words Escherichia coli;D-lactic acid dehydrogenase (FAD-dependent);D-lactic acid

DOI:10.13995/j.cnki.11-1802/ts.027389

引用格式:冯静茹,于立雪,田康明,等.大肠杆菌D-乳酸脱氢酶(FAD)的分子克隆与酶学性质[J].食品与发酵工业,2021,47(17):22-26.FENG Jingru,YU Lixue,TIAN Kangming,et al.Molecular cloning and biochemical characterization of a FAD-dependent D-lactate dehydrogenase from Escherichia coli[J].Food and Fermentation Industries,2021,47(17):22-26.

第一作者:冯静茹和于立雪硕士研究生为共同第一作者(王正祥教授为通讯作者,E-mail:zxwang0519@tust.edu.cn)

基金项目:国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项项目(2018YFE0100400);天津市高等学校创新团队建设规划项目(TD13-5009);国家自然科学基金项目(31601407)

收稿日期:2021-03-16,改回日期:2021-04-26