七烯甲萘醌合成过程中关键蛋白的定位分析

陈奇1,2,张智航1,2,夏洪志3,孙怡3,金柯1,2,吕雪芹1,2,崔世修1,2,刘龙1,2*

1(江南大学,糖化学与生物技术教育部重点实验室,江苏 无锡,214122)2(江南大学,未来食品中心,江苏 无锡,214122) 3(南通励成生物工程有限公司,江苏 南通,226010)

摘 要 七烯甲萘醌作为维生素K2的重要亚型,在细胞中主要存在于细胞膜上,在氧化磷酸化的过程中起到电子载体的作用。作为七烯甲萘醌合成过程中的关键酶,1,4-二羟基-2-萘甲酸异戊二烯基转移酶(1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid prenyltransferase, MenA)和甲基转移酶(methyltransferase,MenH)目前研究较少,其在细胞中的分布还未被研究,这也限制了七烯甲萘醌产量的进一步提高。该研究重点关注MenA和MenH在细胞内的分布问题,首先构建MenA、MenH和eGFP的融合蛋白,利用荧光定位的方法确定MenA和MenH在细胞中的定位。然后,使用表面活性剂Triton-100破坏细胞膜的结构,发现随着表面活性剂浓度的增加,七烯甲萘醌的合成受到明显抑制。该研究表明细胞膜结构的完整性是七烯甲萘醌合成的前提条件,并且揭示了七烯甲萘醌是在细胞膜上直接被合成,不是被转运到细胞膜中。研究结果为深入探索七烯甲萘醌合成机制提供了方向。

关键词 七烯甲萘醌;枯草芽孢杆菌;MenA;MenH;细胞膜;定位

维生素K2是一类重要的脂溶性维生素,根据侧链异戊二烯基数目的不同,可以分为多种亚型,如四烯甲萘醌(menaquinone-4, MK-4)、七烯甲萘醌(menaquinone-7, MK-7)、八稀甲萘醌(menaquinone-8,MK-8)等[1]。维生素K2在治疗骨质疏松和心血管硬化等疾病中发挥重要作用[2]。目前,维生素K2主要通过微生物发酵的方法获取。菌种之间生理特性存在差异,导致不同的菌种合成的维生素K2类型不同,比如大肠杆菌(Escherichia coli)主要合成MK-4和MK-8[3],芽孢类细菌主要合成MK-7[4]。在维生素K2的众多亚型中,MK-7在人体内的半衰期更长,具有良好的亲和性[1],且近期有研究表明MK-7能够降低发生线粒体功能障碍与帕金森疾病的风险[5]。这些重要的功能使MK-7受到了越来越多的重视,但其生产效率的低下限制了其产业化的进程。

MK-7的结构由2-甲基-(1,4)-萘醌核(1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid,DHNA)及C-3位的脂肪侧链(C35)组成。在原核生物中,DHNA是由分支酸经过7步催化获得,侧链由丙酮酸和甘油醛-3-磷酸经过甲基赤藓糖醇-4-磷酸途径(methylerythritol-4-phosphate pathway, MEP pathway)获得[6]。在1,4-二羟基-2-萘甲酸异戊二烯基转移酶(1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid prenyltransferase, MenA)的作用下将侧链转移到DHNA的C2的位置上,形成2-脱甲基甲萘醌[7]。然后,在甲基转移酶(methyltransferase,MenH)的作用下在C3的位置上增加一个甲基,最终生成MK-7[8](图1)。很多研究通过增加menA的表达量实现维生素K2的高效合成,比如在E.coli中组成型过表达menAmenD,相比于野生型菌株,八烯甲萘醌的产量提高了5倍[3]。在纳豆芽孢杆菌(Bacillus subtilis natto)中,HU等[9]确定了D78、D84、D208和D212位天冬氨酸在保持MenA活性发挥重要作用,并通过定点突变技术获得Q67R突变体,提高MenA活力,促进了MK-7的合成。在枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)中,通过在不同位点增加menA开放阅读框的拷贝数,MK-7的产量达到75 mg/L,相比于出发菌株提高了约2.3倍[10]。尽管MenA在MK-7的合成过程中起到重要作用,但是对MK-7合成途径中关键基因性质的研究还较少,限制了MK-7产量的进一步提高。

研究表明MK-7是细胞膜的组成成分[11],在电子传递的过程中起到电子载体的作用[12],但是关于MK-7进出细胞膜的过程机制却缺少相关报告[13]。针对此问题,结合前期实验结果,我们发现MenA和MenH是MK-7合成途径过程中的关键酶,并且通过(http:// www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)预测MenA和MenH的结构特点,发现MenA具有8个明显的跨膜结构域。为了确认MenA和MenH在细胞中的定位,我们将MenA、MenH与eGFP进行融合,通过绿色荧光蛋白分布确定MenA和MenH位于细胞膜中,进一步发现MenA和MenH在细胞膜上出现随机聚集的现象。实验结果表明,MenA与MenH位于细胞膜,并且MenH在细胞膜中呈现点状分布。然后,利用表面活性剂Triton-100能够破坏细胞膜结构的特性,验证细胞膜的完整性对MK-7合成的影响。在发酵培养基中的Triton-100体积分数为0.1%时,MK-7的合成受到明显的抑制。综上所述,细胞膜的完整性是合成MK-7的前提,位于细胞膜上的MenA和MenH对MK-7在细胞膜中的合成发挥重要作用。

图1 枯草芽孢杆菌中MK-7的合成途径
Fig.1 Synthetic pathway of MK-7 in B.subtilis

1 材料与方法

1.1 菌株和质粒

本实验所用出发菌株为B.subtilis 168,克隆菌株为E.coli JM109,穿梭质粒为pHT01。实验所用菌株、质粒全部保藏于本实验室。

1.2 重组菌株构建

B.subtilis 168的基因组为模板,扩增menA的开放阅读框(open reading frame, ORF),使用linker“GSGGGGS”将获得的ORF与egfp进行融合,然后构建在质粒pHT01上。利用同样的方式,分别构建其他蛋白与eGFP的重组表达质粒,使用天然启动子对menA基因进行表达,使用Pveg启动子对menH基因进行表达,用上述构建的质粒转化B.subtilis 168,得到重组菌株。

1.3 荧光蛋白的检测

将重组菌株接种到LB培养基中,37 ℃下220 r/min培养12 h,然后8 000×g离心2 min收集菌体。在激光扫描共聚焦显微镜下观察荧光的分布,其中eGFP的激发波长为488 nm,接收波长507 nm。将获得的绿色荧光图片使用软件ImageJ 1.52进行处理。

1.4 MK-7的发酵

首先在14 mL圆底试管中加入3 mL LB培养基,接入获得的重组菌株置于37 ℃摇床,220 r/min过夜培养。按照3%的接种量,把过夜培养的种子接入发酵培养基中,放入避光的摇床,220 r/min,40 ℃培养,定时取样测量生长情况与MK-7的产量。发酵培养基的配方为(质量分数):5%葡萄糖,5%蔗糖,5%大豆蛋白胨,0.06% KH2PO4。为检测细胞膜对MK-7产量的影响,在发酵培养基中加入不同浓度的表面活性剂Triton-100,体积分数分别是0.05%,0.1%,0.2%,0.5%,1%。

1.5 MK-7的提取与检测

吸取发酵液到棕色离心管中,使用异丙醇和正己烷的混合物(体积比1∶2)以体积比4∶1的比例(有机物∶发酵液)萃取细胞中MK-7。将混合物用涡旋振荡器剧烈振荡10 min,然后以5 000×g离心5 min以分离有机相和水相,收集有机上清液用来检测MK-7含量。检测MK-7含量的仪器是配备有光子二极管阵列紫外检测器的高效液相色谱仪(Agilent 1260,Santa Clara,CA,USA),色谱柱为C18 ODS色谱柱(5 μm,250 mm×4.6 mm,Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA,USA)检测波长为254 nm,柱温为40 ℃。甲醇∶二氯甲烷(体积比9∶1)用作流动相,流速为1 mL/min。MK-7校准曲线在1~100 mg/L呈线性关系(R2=0.998)。

2 结果与分析

2.1 基于生物信息学分析MenA和MenH

课题组前期在强化MK-7合成实验中,发现通过强化menAmenH的表达,能够明显促进MK-7的合成,从而确定menA是MK-7合成过程中的关键基因[10]。基于B.subtilis 168的基因组数据,MenA的性质如下:MenA酶蛋白由311个氨基酸组成,其中带有负电荷氨基酸(Asp+Glu)的总共有14个,带有正电荷的氨基酸(Arg+Lys)总共有20个。MenA的分子质量为33.838 kDa,等电点为9.18,蛋白亲水性平均值(grand average of hydropathicity, GRAVY)为0.718。对MenA的跨膜结构进行预测(http:// www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/),结果如图2所示。MenA酶蛋白共具有8个跨膜结构,跨膜区集中在蛋白中部。

A-TMHMM预测MenA潜在的跨膜区域; B-TMHMM预测MenH潜在的跨膜区域
图2 生物信息学预测MenA和MenH的跨膜结构域
Fig.2 Prediction of transmembrane domains of MenA and MenH by bioinformatics

使用同样的方法预测了MenH的性质,结果如下:MenH酶蛋白由233个氨基酸组成,其中带有负电荷氨基酸(Asp+Glu)的总共有29个,带有正电荷的氨基酸(Arg+Lys)总共有31个。MenH的分子质量为26.576 kDa,等电点为8.27,GRAVY为-0.367。对MenH的跨膜结构进行预测,结果如图2-B所示,MenH酶蛋白没有明显的跨膜结构。

2.2 MenA和MenH的定位

为了验证MenA在细胞中的定位,首先在质粒pHT01上使用天然启动子表达menA,获得重组质粒pHT01-Pnative-menA-eGFP。将重组质粒转化入B.subtilis 168中,然后将重组菌株接种于LB液体培养基中,37 ℃下220 r/min培养12 h。发酵结果显示,强化表达menA之后,细胞的生长并未受到影响(图3-A)。利用激光共聚焦荧光显微镜观察荧光的分布,发现荧光信号出现在细胞膜上,而且是均匀的分布在细胞膜上(分别利用CtaD和YuxO作为阳性和阴性对照)(图3-C),说明MK-7支链结构和骨架结构的结合是发生在细胞膜上的。

MenH在MK-7合成的过程中起到提供甲基的作用,催化整个过程中的最后一步。根据生物信息学的预测,MenH并没有跨膜结构域,应该游离于整个细胞中。为了验证MenH在细胞中的定位,使用同样的方法构建重组质粒pHT01-Pveg-menH-eGFP。将重组质粒转化入B.subtilis 168中,然后将重组菌株接种于LB液体培养基中,37 ℃下220 r/min培养。结果显示过表达menH对细胞的生长没有明显的影响(图3-B)。培养12 h之后,在激光共聚焦荧光显微镜的下观察荧光的分布,根据荧光定位实验结果,MenH同样位于细胞膜上,但是有些荧光在细胞中呈现聚集分布。这一分布特点与MenA不同,MenA均匀的分布在细胞膜上,而MenH则是随机地在细胞中出现聚集(图3-C)。

A-过表达menA对菌株生长的影响;B-过表达menH对菌株生长的影响;C-关键基因在细胞中的荧光定位
图3 MenA与MenH在细胞中的定位
Fig.3 Localization of MenA and MenH in cells

2.3 不同浓度表面活性剂对MK-7合成的影响

表面活性剂Triton-100是一类非离子型表面活性剂,能够促进脂类物质的溶解,从而破坏细胞膜的结构。为了检测不同状态的细胞膜对MK-7合成的影响,我们在MK-7发酵培养基中加入不同浓度的表面活性剂Triton-100。由于加入不同浓度的表面活性剂之后,细胞的生长的受到不同程度的抑制,导致细胞的生长很难统一,所以只对最大生长OD600值进行统计。结果如图4-A所示,当加入表面活性剂时,细胞的生长和MK-7的合成均受到不同程度的抑制。当Triton-100体积分数为0.1%时,MK-7的产量受到明显的抑制,仅为野生型的36.9%。特别是当Triton-100的体积分数达到0.5%时,细胞的OD600值最高仅为5.6,且几乎检测不到MK-7的合成(图4-B)。当细胞膜的结构受到破坏时,对MenA和MenH的定位产生影响,从而影响到MK-7的合成。这些结果表明,完整的细胞膜结构是高效合成MK-7的前提条件。

A-不同浓度Triton-100对菌株生长的影响; B-不同浓度Triton-100对菌株合成MK-7的影响
图4 不同浓度表面活性剂对细胞生长和MK-7合成的影响
Fig.4 Effects of different concentrations of surfactants on cell growth and synthesis of MK-7

3 结论

MK-7作为脂溶性维生素K2的重要亚型,主要分布于细胞的细胞膜中,起到电子传递的作用[14]。然而,对于MK-7如何进入到细胞膜中并没有明确的报道。MenA可能在MK-7进入细胞膜的过程中起着关键作用,其作用是使胞内游离的DHNA与不同长度异戊二烯组成的侧链进行融合,形成2-脱甲基萘醌。MenA属于异戊二烯转移酶的UbiA家族(IPR000537),包括了来源于细菌中的4-羟基苯甲酸酯八烯基转移酶(UbiA)[15],酵母中的对羟基苯甲酸酯聚异戊二烯基转移酶(COQ2)[16]。根据已知晶体结构的UbiA家族的,通过同源比对发现包含两个富含天冬氨酸的保守催化位点,能够催化反式异戊二烯基转移酶的活性,分别是NDXXDXXXD和DXXXD。

生物信息学的预测结果显示MenA具有8个跨膜区,分布在细胞膜上。本研究将MenA与eGFP进行融合,通过荧光的位置确定MenA的分布。实验结果显示MenA位于细胞膜上,与生物信息学预测的结果一致。在E.coli中通过敲除回复突变实验,并通过收集细胞膜碎片,在细胞膜碎片中发现了MenA的活性,证实了MenA位于细胞膜内,并证明含有MenA的细胞能够在厌氧的环境中生长[17]。在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)中,使用同位素1-3H标记的法尼基焦磷酸(farnesylpyrophosphate, FPP)或者香叶基焦磷酸(geranylgeranylpyrophosphate, GGPP)作为底物时,发现90%的MenA活力存在于富含细胞碎片的组分中,同样也证实了MenA位于细胞膜中[18]。在本研究中,通过在发酵培养基中加入表面活性剂破坏细胞膜的结构,发现MK-7的合成受到明显的抑制,说明细胞膜的存在对MK-7的合成具有重要作用。

MenH作为催化MK-7合成过程最后一步的关键酶,起到转移甲基的作用。在耻垢分枝杆菌(Mycobacterium smegmatis)中,与甲萘醌合成相关的酶位于细胞内膜结构域上,包括甲基转移酶MenG和甲萘醌还原酶MenJ[19]。其中MenG的分布与MenA并不相同,MenA分布在常规质膜(包含膜磷脂与细胞壁)上。研究证明仅当存在额外拷贝的menG时,才能够在基因组上敲除menG,说明menG是耻垢分歧杆菌的必需基因[19]。在本研究中,我们依据生物信息学对MenH的结构进行了预测,发现MenH不具有跨膜结构域,但是荧光定位实验显示MenH同样位于细胞膜上。推测MenH可能是与枯草芽孢杆菌的膜蛋白互作,然后锚定在细胞膜上。本研究证明MenA 和MenH均位于细胞膜上,对MK-7在细胞膜中合成的过程中发挥作用,而且细胞膜的完整性对MK-7的合成具有重要作用。由于MenA和MenH在定位在细胞膜中方式不相同,MenH是如何与膜蛋白进行互作,以及哪种因素影响MenA和MenH在细胞膜中的定位是下一步的研究重点。

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Localization analysis of key proteins during the synthesis of menaquinone-7

CHEN Qi1,2,ZHANG Zhihang1,2,XIA Hongzhi3,SUN Yi3,JIN Ke1,2, LYU Xueqin1,2,CUI Shixiu1,2,LIU Long1,2*

1(Key Laboratory of Carbohydrate Chemistry and Biotechnology, Ministry of Education, Jiangnan University, Wuxi 214122, China) 2(Science Center for Future Foods, Jiangnan University, Wuxi 214122, China)3(Richen Bioengineering Co. Ltd., Nantong 226010, China)

ABSTRACT As an important subtype of the fat-soluble vitamin K2, menaquinone-7 (MK-7) plays an important role in the prevention of cardiovascular sclerosis and the treatment of osteoporosis, due to the advantages of long half-life and high biological affinity in human body. Thus, MK-7 has attracted much attention in the fields of medicine and functional food. While studies have shown that MK-7 is a component of the cell membrane and acts as an electron carrier in electron transport, there were few reports on the mechanism of MK-7 entering and leaving the cell membrane. Although 1,4-dihydroxy-2-naphthoic acid prenyl transferase MenA and methyltransferase MenH were known to play an important role in the synthesis of MK-7, there was a lack of in-depth research on their distribution in cells, limiting the further increase in the production of MK-7. We determined the localization of MenA and MenH in cells by fluorescence labeling. Then, the surfactant Triton-100 was used to destroy the cell membrane structure to verify the effect of the integrity of the cell membrane on the synthesis of MK-7. When the concentration of Triton-100 in the fermentation medium was 0.1%, the synthesis of MK-7 was significantly inhibited. When the concentration of Triton-100 reached 0.5%, the synthesis of MK-7 could not be detected. This study reveals that the integrity of cell membrane structure is the prerequisite for the synthesis of MK-7, and MK-7 is synthesized directly on the cell membrane, which is not transported to the cell membrane. The research results provide a direction for in-depth exploration of the synthesis mechanism of menaquinone-7.

Key words menaquinone-7; Bacillus subtilis; MenA; MenH; cell membrane; location

DOI:10.13995/j.cnki.11-1802/ts.029324

引用格式:陈奇,张智航,夏洪志,等.七烯甲萘醌合成过程中关键蛋白的定位分析[J].食品与发酵工业,2023,49(2):8-12.CHEN Qi,ZHANG Zhihang,XIA Hongzhi, et al.Localization analysis of key proteins during the synthesis of menaquinone-7[J].Food and Fermentation Industries,2023,49(2):8-12.

第一作者:硕士研究生(刘龙教授为通信作者,E-mail:longliu@jiangnan.edu.cn)

基金项目:国家自然科学基金(31871784);国家重点研发计划(2018YFA0900300)

收稿日期:2021-09-14,改回日期:2022-02-22