基于组学技术解析白酒大曲研究进展

刘春丽1,徐书港1,张二康1,韦露露1,文永1,仁蓉1,陈明学1,何开萍1,程平言1,2*

1(贵州习酒股份有限公司,贵州 习水,564600)

2(江南大学 生物工程学院,江苏 无锡,214122)

摘 要 大曲作为白酒酿造的核心糖化发酵剂,其多菌种协同代谢的复杂发酵机制,一直是白酒酿造领域的关键研究课题。近年来,组学技术以高通量、系统性优势,为解析大曲发酵机制提供重要支撑。该文以当前大曲研究存在的问题为切入点,系统阐述了扩增子测序、宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学及代谢组学等前沿组学技术在解析大曲发酵机制中的研究进展。同时,阐述了多组学联合技术在大曲发酵研究中的整合优势与典型应用案例。最后,该文深入剖析了当前组学技术在白酒大曲发酵研究应用中面临的挑战,并对未来研究方向进行了展望,旨在为推动白酒大曲发酵基础研究和产业技术创新提供理论参考。

关键词 大曲;扩增子测序;宏基因组学;宏转录组学;宏蛋白组学;代谢组学

白酒作为我国特有的蒸馏酒,具有悠久的历史和丰富的文化内涵。其独特的风味和品质深受消费者喜爱,在国内外市场上占据重要地位[1]。大曲作为白酒酿造的核心糖化发酵剂,由小麦、大麦或豌豆等原料经开放式自然发酵制成,是白酒发酵过程中菌系、酶系和物系的重要来源。其核心作用体现为微生物群落供给、酶系催化、风味物质生成、酒体风格塑造四大维度,因此,大曲品质将直接影响白酒的产出质量[2-3]。然而,大曲发酵过程本质上是一个多菌种共酵、多酶系协同、多环境因子耦合的复杂动态系统。其生产仍面临诸如微生物功能解析模糊,难以实现菌群定向调控;工艺参数与品质稳定性关联机制不明,批次差异难控制;风味物质形成通路“黑箱化”,制约风味定向调控等问题[3],严重阻碍大曲生产从经验控制向精准调控升级。

传统研究手段(如纯培养、单一成分检测)因难以捕捉微生物群落的复杂互作、动态代谢过程及多因子关联,无法突破上述瓶颈。近年来,随着生物技术的飞速发展,组学技术逐渐成为研究复杂生物体系的有力工具。在白酒大曲发酵研究领域,从扩增子测序到代谢组学等一系列组学技术相继被应用,为解析大曲发酵过程中的微生物群落结构、功能基因表达、酶系组成以及代谢产物变化等提供了全新的视角和方法[4]。组学技术的应用推动了白酒大曲发酵机制的研究进程,使得人们对大曲发酵这一传统酿造过程有了更为深入和全面的认识(图1)。尽管单一组学技术已取得显著进展,但大曲发酵过程的复杂性对研究方法提出了更高要求,任何单一技术都无法完整阐释其发酵机制,多组学联合分析正成为破解发酵调控密码的关键策略[5]。因此,本文系统阐述了扩增子测序、宏基因组学、宏转录组学、宏蛋白质组学及代谢组学等前沿技术在解决大曲研究核心问题中的应用进展;探讨了多组学联合技术的整合优势及典型应用案例,分析了当前面临的挑战并对未来研究方向进行了展望,旨在为白酒大曲发酵理论创新、工艺优化及品质提升提供理论依据与技术支撑。

图1 基于组学技术的白酒大曲发酵过程研究技术路线示意图

Fig.1 Schematic diagram of the research technical route for the fermentation process of Baijiu Daqu based on omics technology

1 单一组学技术在白酒大曲中的研究进展

1.1 扩增子测序技术在白酒大曲发酵研究中的应用

传统研究方法下,大曲微生物研究存在优势菌群鉴别困难、群落时空动态演替驱动路径不明、微生物组成与代谢功能关联缺失等问题,以上问题严重阻碍了大曲微生物作用机制的系统研究。而扩增子测序技术通过靶向扩增16S rDNA、ITS等保守区域并结合高通量测序手段,可快速揭示群落组成并预测功能潜力,在解析大曲微生物多样性及功能研究中展现出显著优势[6]

在优势微生物鉴别领域,该技术可精准鉴别不同类型大曲的优势微生物(表1)。从生产全流程来看,原料准备阶段以原料表面菌群为初始核心[11];发酵初期真菌占据主导地位,进入中后期则转为细菌主导,且低温培菌期等关键阶段的微生物组成差异显著[12-13]。陈曲阶段优势菌种组成趋向稳定,且贮存过程中嗜热真菌属(Thermomyces)等微生物成为核心类群,这些优势微生物的明确,为深入解析群落功能奠定了基础[14-15]

表1 不同类型大曲优势微生物汇总表

Table 1 Summary of dominant microorganisms in different types of Daqu

研究对象主要优势微生物(属水平)细菌真菌高温大曲[7]葡萄球菌属(Staphylococcus)嗜热真菌属(Thermomyces)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、曲霉属(Aspergillus)中温大曲[7]乳杆菌属(Lactobacillus)嗜热真菌属(Thermomyces)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)低温大曲[7]乳杆菌属(Lactobacillus)嗜热子囊菌属(Thermoascus)、曲霉属(Aspergillus)黄曲(高温大曲)[8]糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、芽孢杆菌属(Bacillus)、海洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus)、岩生杆菌属(Scopulibacillus)、高温放线菌属(Thermoactino-myces)嗜热真菌属(Thermomyces)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、曲霉属(Aspergillus)白曲(高温大曲)[8]芽孢杆菌属(Bacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、魏斯氏菌属(Weissella)、岩生杆菌属(Scopulibacillus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)嗜热真菌属(Thermomyces)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、曲霉属(Aspergillus)黑曲(高温大曲)[8]芽孢杆菌属(Bacillus)、岩生杆菌属(Scopulibacillus)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)嗜热真菌属(Thermomyces)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、曲霉属(Aspergillus)不同等级大曲(中温大曲)[9]魏斯氏菌属(Weissella)、乳杆菌属(Lactobacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、葡萄球菌属(Staphylococcus)嗜热子囊菌属(Thermoascus)、嗜热真菌属(Thermomyces)、念珠菌属(Candida)、覆膜孢酵母属(Saccharomycopsis)、曲霉属(Aspergillus)清香型白酒大曲[10]魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、克鲁彭斯特德菌属(Kroppenstedtia)文氏壶菌属(Apiotrichum)、异常威克汉姆酵母属(Wickerha-momyces)、酿酒酵母属(Saccharomyces)浓香型白酒大曲[10]芽孢杆菌属(Bacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)曲霉属(Aspergillus)、嗜热真菌属(Thermomyces)、酿酒酵母属(Saccharomyces)酱香型白酒大曲[10]芽孢杆菌属(Bacillus)、克鲁彭斯特德菌属(Kroppenstedtia)曲霉属(Aspergillus)、嗜热真菌属(Thermomyces)、酿酒酵母属(Saccharomyces)

在群落动态解析层面,扩增子测序技术可系统揭示大曲微生物群落在空间分布及时间演替中的动态规律。空间维度上,受传统固态发酵工艺影响,大曲内部存在显著空间异质性,即曲皮与曲心的菌群结构及风味物质差异明显[16-17],且曲心微生物互作更为复杂[18-19]。时间维度上,该技术贯穿原料准备至陈曲的全流程,在原料准备环节,扩增子测序可深度解析原料微生物附着特征与群落构建机制[20],研究表明,小麦品种、种植区域等因素显著影响初始群落结构[21-22]。在曲坯成型工艺中,人工踩曲与机械压曲通过改变曲坯密度影响微环境氧气通透性,进而作用于菌群定植与代谢,研究证实,不同压曲工艺对微生物群落结构存在差异化塑造作用[23-24]。在发酵阶段,微生物群落随发酵周期呈现动态变化,研究显示,翻曲工艺促使微生物群落结构简化但稳定性提升[25],且2次翻曲分别促进风味功能微生物及酯化功能微生物富集[26]。在陈曲阶段,微生物群落呈阶段性演替,其中中温大曲多样性呈“先降低后回升”趋势[15],低温和高温大曲则呈现特定优势属的丰度变化[27-28],且季节因素影响群落组成[29]

在基因功能预测方面,结合物种注释与功能预测算法(如PICRUSt),可揭示微生物群落的功能潜力。如梁二宏等[8]利用PICRUSt软件对测序数据进行功能预测,发现黄曲中糖酵解关键酶基因丰度显著高于黑曲与白曲,且黄曲、黑曲在丙酮酸代谢等相关酶基因丰度上更具优势,这一发现建立了大曲颜色与代谢活动的内在关联。

综上,扩增子测序技术通过精准鉴别优势微生物、系统解析群落动态规律、科学预测功能潜力,构建了从微生物组成到功能机制的完整研究链条,为白酒大曲发酵工艺的优化提供了多维度的科学依据。它不仅解析了原料、工艺、环境等因素对大曲中优势微生物群落的影响规律,还搭建了微生物与风味品质的关联桥梁。尽管目前在微生物互作机制、功能基因与代谢产物的直接关联等方面仍存在研究局限,但随着技术的迭代升级与多组学整合策略的应用,该技术有望进一步突破现有瓶颈,为白酒产业的品质精准调控与智能化升级注入更强动力。

1.2 宏基因组学技术在白酒大曲发酵研究中的应用

大曲微生物群落中未培养微生物占比显著,传统纯培养方法难以捕获这类微生物,更无法挖掘其功能基因[30],故制约了对大曲发酵机制的完整解析。而宏基因组学技术则通过直接获取环境样本中全部微生物基因组信息[31],突破了传统技术瓶颈,为大曲微生物群落结构与功能基因解析提供了革命性工具。

在群落结构解析层面,宏基因组测序展现出相较于扩增子测序的显著优势。以16S扩增子测序为例,其通常仅能实现属水平鉴定,误差率达10%~17%,难以满足物种层面的研究需求[32],而宏基因组学技术可鉴定到种甚至菌株水平[33],并能清晰揭示不同类型大曲的物种组成差异。HUANG等[7]通过宏基因组学技术研究发现,高温及中温大曲中真核生物占比显著较高(分别为85.4%和81.4%),而低温大曲中细菌则更为丰富(54.3%);在种水平上,3种大曲的优势菌种存在明显差异。ZHANG等[34]发现白色大曲以象牙色克罗彭斯特德菌(Kroppenstedtia eburnea)等为优势菌;黑色大曲中,一种未分类的葡萄球菌(Staphylococcus sp.)占据主导地位;而黄色大曲则富含米曲霉(Aspergillus oryzae)等微生物。此外,有研究表明不同地域香型大曲的核心微生物群落结构存在明显差异[35]

在功能基因解析方面,宏基因组测序通过与KEGG、CAZy等数据库直接比对,可全面注释基因并解析代谢通路[36],克服了扩增子技术依赖间接推断算法的不足。目前,相关研究已借助该技术成功揭示α-淀粉酶等与糖化发酵及风味形成相关的编码基因[37-39]。此外,宏基因组测序技术在不同类型大曲功能基因解析研究中亦展现出独特优势[40]。研究表明,中温大曲陈酿过程中,毛霉目(Mucorales)和散囊菌目(Eurotiales)丰度下降伴随α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶基因丰度降低,影响液化、糖化及芳香醇合成,从基因水平上揭示了大曲成熟前后参与酶活性和挥发性物质变化的关键微生物[41]。高温大曲中,羊毛嗜热真菌(Thermomyces lanuginosus)等3种微生物的吡嗪合成基因簇丰度显著富集,为高温大曲特有的焦香风味提供了分子证据[34]。HOU等[42]进一步指出,白曲微生物在糖降解代谢通路中显著富集,黑曲则在肽、多糖合成等通路中表现尤为突出,明晰了3种高温大曲在酱香型白酒发酵中的互补作用。同时,ZHANG等[37]发现大曲与麦曲物种差异显著但功能基因相似(集中于氨基酸和碳水化合物代谢),揭示了“功能趋同、物种异质”的微生物生态特征。

综上所述,宏基因组学技术凭借对大曲微生物群落结构及功能基因直接解析优势,成功将微生物群落、功能基因与代谢表型进行关联,为大曲发酵机制研究和品质调控提供了新范式。但其仍存在仅能反映基因潜在功能,难以区分活/死菌,数据分析复杂等问题。未来还需整合宏转录组、宏蛋白组等多组学技术,构建系统性研究策略,以实现对功能基因表达动态与代谢活性的深度解析。

1.3 宏转录组学技术在白酒大曲发酵研究中的应用

传统方法难以揭示大曲发酵过程中微生物的原位功能活性与动态代谢路径,亦无法有效追踪活性群落的演替过程及关键类群的基因表达模式,制约了大曲发酵微生物作用机制的深入解析。宏转录组学通过系统剖析大曲发酵阶段的转录组数据,为上述问题的解决提供了关键突破口[43]

在实际研究中,宏转录组学已取得多项突破性成果。YI等[44]将其应用于酱香型大曲研究,解析70 ℃高温阶段微生物活性与功能酶表达情况。研究发现曲霉属(Aspergillus)和青霉属(Penicillium)为优势活性微生物类群,且该高温环境下碳水化合物和能量代谢相关酶表达水平显著低于浓香型大曲62 ℃发酵阶段,证实高温会抑制糖化和发酵能力。对浓香型大曲的研究证实,真菌是酒曲中丰度最高且代谢最活跃的微生物类群[45],为发酵工艺优化提供了理论依据。宏转录组学还能够精准分析特定时间点大曲中活跃微生物的基因表达。LIU等[46]分析了中温大曲在不同发酵阶段的转录组数据,发现葡萄球菌属、毕赤酵母属等5种微生物在发酵早期基因表达活跃,而高温期和发酵末期,多种耐热丝状真菌的转录活性显著增强,尤其在糖化酶和芳香化合物合成相关基因的表达上更为突出。ZHANG等[47]探讨了高产吡嗪菌株对大曲微生物群落的生物扰动效应,发现生物扰动使微生物群落的功能基因表达发生变化,特别是显著增强了与淀粉代谢、脂肪酸代谢和吡嗪合成相关的基因表达。此外,基于宏转录组数据分析,证实影响脂肪酸生物合成的核心微生物群中与脂肪酸合成相关的基因高度表达[48]

在功能基因挖掘方面,宏转录组学展现出独特优势,极大地加速了酶的发现和应用进程。ALI等[49]在浓香型大曲中成功分离并鉴定出一种具有潜在工业应用价值的真菌耐热内切葡聚糖酶。CHEN等[50]则发现新型耐碱性α-淀粉酶NFAmy13B,并证实了其与NFAmy13A在水解小麦淀粉时的协同作用。同时,宏转录组学可以深入了解参与大曲关键过程(如淀粉降解和风味形成)的微生物和酶,为优化酿造工艺提供理论基础,有研究证实多种α-葡萄糖苷酶在固态发酵淀粉降解过程中起关键作用[51]

综上所述,宏转录组学凭借直接捕捉微生物基因表达动态的优势,成为衔接宏基因组潜在功能与实际代谢活动的关键技术。其价值体现为:精准定位各发酵阶段(高温期、陈酿期)活性微生物;揭示基因表达与环境因子关联(如高温对糖化酶表达的抑制作用);为功能酶挖掘提供证据,助力新型酶制剂研发。尽管该技术应用仍存在一定局限性,如RNA提取偏差、分析复杂等问题,但随着技术革新与多组学整合,该技术将为白酒酿造工艺优化和品质提升提供科学支撑,推动产业智能化升级。

1.4 宏蛋白组学技术在白酒大曲发酵研究中的应用

针对大曲发酵研究中微生物群落实际功能活性难以精准解析、关键功能酶来源不明等核心问题,宏蛋白组学技术通过系统研究群落中全部表达的蛋白质,提供了直接解决方案。其既能有效验证宏基因组与宏转录组预测的潜在功能,规避功能推断偏差,更可直接发现新型功能酶或蛋白质[52]。该技术在大曲蛋白及酶谱组成解析、关键功能酶微生物溯源、微生物群落功能阐释等领域成效显著,这些成果显著深化了对大曲发酵机制的理解,为工艺优化升级奠定了坚实的理论基础[53]

在大曲蛋白及酶谱组成解析方面,宏蛋白组学技术凭借其强大的蛋白质分析能力,能够实现对大曲中蛋白质种类及丰度的精确测定,为全面解析大曲酶谱组成提供了重要的技术支撑。中温大曲研究中,HE等[54]运用宏蛋白组学技术系统解析浓香型大曲酶谱,成功识别出关键水解酶类及其对应的微生物来源。范伟业[55]研究则发现,优级与普通级浓香型大曲存在878种差异蛋白且真菌/细菌蛋白占比不同。对高温大曲的研究显示,黄曲中α-淀粉酶等酶丰度显著高于白曲与黑曲,赋予其更强的原料降解能力,验证了黄曲作为酱香型白酒核心曲种的科学依据[56]。进一步对拆仓曲进行组分解析发现,白曲、黄曲、黑曲分别以糖化酶、α-淀粉酶、纤维素酶作为核心功能酶,并明确生产用曲的核心酶系稳定性受不同曲块混合比例的显著影响[57]。低温大曲的酶谱分析表明,α-淀粉酶和糖化酶占总糖化酶活性的95%以上,其在储存过程中的动态变化规律为揭示大曲成熟机制提供了重要理论依据[28, 58]

溯源关键功能酶微生物来源是宏蛋白组学技术在大曲研究中的另一核心应用。宏蛋白组学技术凭借对蛋白质的精准鉴定与谱系分析能力,可实现对关键功能酶微生物来源的追踪,从而明确生物类群与功能酶之间的特异性对应关系。例如,研究发现高温大曲芳香化合物合成的2个关键酶源于曲霉属(Aspergillus)[59];中高温大曲糖化酶主要来源于曲霉属(Aspergillus)和毕赤酵母属(Pichia)等[60];低温大曲α-淀粉酶和糖化酶90%以上源于利希滕菌属(Lichtheimia)[58]。此外,杨阳等[61]利用宏蛋白组学技术还发现了4种昆虫源的α-淀粉酶,证实适量曲虫对大曲淀粉糖化有积极调控作用。以上研究为筛选和培育具有特定功能的优良微生物菌株提供了科学的方向,有助于提高大曲发酵的效率和品质。

在微生物群落功能解析层面,宏蛋白组学技术为系统揭示微生物群落的功能特征提供了强有力的技术手段。YANG等[60]的研究表明,高温适应性微生物群落对大曲糖化酶谱具有特异性贡献。高温大曲发酵中,微生物蛋白质表达水平随进程上升,真菌酶表达量为细菌的1.84倍,且一次翻曲是曲层生态位分化关键节点[62]。关于储存条件与季节对大曲微生物功能调控的研究发现,储存后大曲功能主导权向细菌转移(细菌酶蛋白表达量为真菌的1.48倍)。季节因素通过调控“变色龙微生物”的功能表达影响大曲功能,具体表现为:春曲促进碳代谢与苯甲酸代谢过程,夏曲利于生物碱及酪氨酸代谢,秋曲在氨基酸合成与淀粉代谢中表现出优势,冬曲则对肽聚糖合成具有促进作用[63]。这些发现从蛋白质活性层面阐明了微生物群落功能与环境因子的动态关联。

宏蛋白组学通过解析微生物群落表达蛋白质的动态特征,为阐明大曲微生物代谢网络与酶系功能的内在关联提供了直接的分子证据,其在发酵工艺参数优化(如翻曲时机调控等)中的应用价值已得到充分验证。然而,该技术在大曲研究中仍面临蛋白质提取难、数据复杂、数据库覆盖不足等挑战。未来通过与机器学习、代谢组学等技术联用,有望深度解析大曲发酵机制,推动白酒产业向精准化、智能化方向发展。

1.5 代谢组学技术在白酒大曲发酵研究中的应用

大曲风味形成与品质构建的关键机制不清,核心难点在于无法系统关联微生物群落功能(遗传潜力、基因表达、蛋白质功能)与代谢产物的动态变化。代谢组学通过解析微生物群落的小分子代谢物,并与多组学(宏基因组、宏转录组、宏蛋白组)技术联用,深度阐释微生物群落对大曲风味形成与品质构建的作用机制。在实际应用场景中,代谢组学在不同领域均展现出显著的科研价值与应用潜力。

在风味物质解析方面,非靶向代谢组学研究显示,高温大曲中白曲代谢物丰度最高、黑曲最低,挥发性成分以芳香族化合物和吡嗪类为主,难挥发性成分以有机酸与氨基酸为主[64]。有学者基于代谢组学技术解析了酱香型大曲中芳香化合物合成机制,证明发酵后期是芳香化合物生成的关键阶段,为定向调控芳香化合物生成提供了靶点[59]。LUO等[65]通过非靶向代谢组学揭示了酱香大曲黑曲与其他颜色大曲(如黄曲和白曲)之间的代谢物差异,证实黑曲的颜色形成主要与酶促褐变产物黑色素和美拉德反应产物类黑精有关。ZHU等[66]通过靶向代谢组学技术进一步证实了该结论,为解析大曲呈色物质基础提供关键证据。

在微生物代谢产物研究方面,代谢组学可通过分析发酵过程中代谢产物的动态变化,解析微生物群落的代谢活性及对白酒风味品质的影响。研究发现季节因素对大曲微生物群落结构及代谢表型具有显著调控作用,具体表现为夏季高温环境促进芽孢杆菌富集,主导吡嗪类烤香物质合成;冬季低温条件下酵母菌大量增殖,驱动酯类物质积累[67]。JIANG等[29]进一步研究发现,春季大曲中嗜热放线菌数量更多,愈创木酚明显富集。稀有菌群可调控吡嗪类和醇类物质合成,进而影响微生物群落结构及大曲风味特征[68]。此外,基于代谢组学数据,ZHANG等[11]通过网络分析揭示了微生物与代谢物的关系:特定细菌(如芽孢杆菌属)与氨基酸及其衍生物等代谢物的生成呈显著正相关;多数真菌(如嗜热子囊菌属)与苯丙氨酸等物质呈负相关,为解析大曲发酵代谢物生成机制奠定了理论基础。

在发酵过程监控方面,代谢组学可监测不同阶段代谢物的动态变化,掌握发酵进程中的关键节点和代谢规律,为优化发酵工艺提供依据。LIU等[46]基于液相色谱-串联质谱联用(liquid chromatography-tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)技术的代谢组学研究发现,中温大曲在发酵升温阶段(2~5 d),醇类和酚类化合物呈现显著积累趋势,该代谢特征与大曲独特的浓郁果香形成密切相关。YANG等[62]针对高温大曲的空间代谢异质性研究显示,不同曲层间存在显著代谢差异,其中46.67%~50.00%的差异代谢通路富集于氨基酸代谢途径。此外,大曲贮存过程表现出明显的代谢阶段性特征,即贮存前期小分子代谢产物的生物合成较为活跃,而后期代谢过程则以氨基糖代谢途径为主导[63]

在品质及工艺差异解析方面,代谢组学通过解析不同大曲的代谢指纹图谱,为白酒质量控制提供了科学依据。ZHANG等[69]发现优质大曲中细菌参与的代谢活动更为活跃,证实了微生物代谢强度与大曲品质的关联性。针对不同温度大曲的研究发现,中温大曲代谢物多样性最为丰富,而高温大曲则显著富集于聚吡嗪类化合物和氨基酸[70]。针对制曲工艺环节的比较研究表明,机械踩曲与人工踩曲工艺所制大曲的代谢产物存在显著差异,前者糖类代谢产物(如麦芽三糖、葡萄糖)显著富集,后者特征性挥发性化合物(如吡嗪类、呋喃类)含量更高[71-72]。此外,MU等[73]通过代谢组学手段系统研究空间诱变及生物强化技术对大曲发酵的影响,发现上述处理显著提升了吡嗪类化合物与醇类物质的代谢水平,为制曲工艺的定向优化提供了重要理论依据。

代谢组学凭借其对大曲微生物代谢表型的深度解析能力,为大曲风味物质形成机制、工艺优化及品质标准化控制提供了重要技术支撑。未来还需强化代谢组学与其他组学技术的协同应用,系统解析“微生物-酶-代谢物”的调控网络,为构建基于代谢指纹的大曲品质评价模型提供理论依据,进而推动白酒产业智能化升级与产品质量的精准调控。

2 多组学联合技术在白酒大曲发酵研究中的应用

尽管组学技术在大曲研究中持续深化(表2),但仍面临复杂微生物群落的结构与功能解析不足的问题,微生物互作及代谢网络驱动机制不明等挑战,阻碍了发酵过程的精准调控与品质提升。然而单一组学仅能从单一维度剖析,局限性凸显,而多组学联合技术则能从微生物、基因、调控、代谢等多维度系统解析发酵过程,实现了从“相关性”现象观察到“因果性”机制阐释的重要突破。

表2 组学技术在白酒大曲中研究情况总结表

Table 2 Summary of research on omics technologies in Baijiu Daqu

组学技术研究对象(地域)主要研究目标主要发现参考文献扩增子测序青稞白酒大曲(青海)解析青稞白酒大曲的优势微生物优势细菌有泛菌属、糖多孢菌属等8种,优势真菌有曲霉属、嗜热子囊菌属等4种[53]扩增子测序高温大曲-人工踩曲(山东)解析压曲工艺对大曲细菌群落结构的影响高温放线菌属为主要优势细菌;热放线菌科是人工曲的生物标志物[23]扩增子测序高温大曲-机械压曲(山东)解析压曲工艺对大曲细菌群落结构的影响糖多孢菌属为主要优势细菌;芽孢杆菌科是机械曲的生物标志物[24]扩增子测序中温大曲-翻曲处理(四川)解析翻曲工艺对大曲微生物群落结构的影响大曲中的细菌丰富度和多样性更高;翻曲处理大曲的微生物组成以鸡葡萄球菌属、伞枝犁头霉菌属等耐热性不高的微生物为主[25]扩增子测序中温大曲-非翻曲处理(四川)解析翻曲工艺对大曲微生物群落结构的影响大曲中的细菌丰富度和多样性较低;非翻曲处理大曲的微生物群落以芽孢杆菌属、棉毛嗜热霉菌属等耐热性高的微生物为主[25]扩增子测序低温大曲(青海)解析贮藏对低温大曲微生物群落的影响储藏后,细菌中鞘氨醇杆菌属被不动杆菌属取代,真菌中根霉属被曲霉属取代;乳杆菌属、芽孢杆菌属、威克汉姆酵母属等依旧保持优势[28]宏基因组学高温大曲-黄曲(山东)解析不同颜色高温大曲微生物群落差异黄曲中米曲霉属、烟曲霉属和奇异变形杆菌属的丰度较高[34]宏基因组学高温大曲-白曲(山东)解析不同颜色高温大曲微生物群落差异白曲中显著富集了埃伯氏克罗彭斯特菌属、3种芽孢杆菌属[34]宏基因组学高温大曲-黑曲(山东)解析不同颜色高温大曲微生物群落差异黑曲中以一种未分类的葡萄球菌为主[34]宏基因组学浓香型大曲(江苏和四川)分析不同地域大曲之间的微生物群落差异江苏产大曲的微生物群落及代谢途径与酱香型大曲相近,而四川产大曲则以热子囊菌属、乳酸菌属和高温放线菌属为主[35]宏基因组学高温大曲(山东)解析高温大曲功能基因羊毛嗜热真菌等3种微生物的吡嗪合成基因簇丰度显著富集[34]宏基因组学高温大曲-白曲(湖北)解析不同颜色高温大曲功能基因差异白曲中的微生物在糖降解通路中显著富集,其编码肽基转移酶、葡萄糖基转移酶等酶的基因丰度较高[42]宏基因组学高温大曲-黄曲(湖北)解析不同颜色高温大曲功能基因差异黄曲与白曲、黑曲之间的微生物组成差异极小;黄曲与白曲和黑曲在代谢通路谱和CAZy功能模块上无实质性差异[42]宏基因组学高温大曲-黑曲(湖北)解析不同颜色高温大曲功能基因差异黑曲显著富集了参与肽、多糖和细胞壁生物合成的代谢通路;黑曲微生物在碳代谢(如三羧酸循环以及脂肪酸降解)方面的潜力较强[42]宏转录组学酱香型大曲(贵州仁怀)解析高温大曲微生物活性与功能酶表达情况曲霉属和青霉属为高温大曲优势活性微生物类群,与62 ℃发酵的浓香型大曲相比,其碳水化合物和能量代谢相关酶表达水平显著降低[44]宏转录组学中温大曲(四川泸州)揭示发酵期大曲活性微生物群落结构的演替过程发酵初期,葡萄球菌属、毕赤酵母属等5种是代谢活跃的微生物类群;高温期及发酵末期,多种耐热丝状真菌是具有转录活性的优势种群[46]宏转录组学酱香型大曲(四川)鉴定脂肪酸生物合成相关的核心微生物群克罗彭施泰特氏菌属、拟青霉属等 5 个菌属为与脂肪酸生物合成相关的核心微生物群[48]宏转录组学浓香型大曲(未知)从大曲中的挖掘新型酶成功分离并鉴定出一种具有潜在工业应用价值的真菌耐热内切葡聚糖酶[49]宏转录组学浓香型大曲(未知)从大曲中的挖掘新型酶成功挖掘出一种具有优异耐碱性的新型α-淀粉酶NFA-my13B[50]

续表2

组学技术研究对象(地域)主要研究目标主要发现参考文献宏蛋白组学浓香型大曲(未知)解析不同等级曲蛋白及酶谱组成差异优级与普通浓香型大曲存在878种差异蛋白且真菌/细菌蛋白占比不同;氧化还原酶和转移酶是优级曲和普通曲中差异最大的两类酶[55]宏蛋白组学酱香型大曲(贵州茅台镇)解析不同类型大曲酶谱组成差异生产用曲与拆仓曲中关键酶相同,均为糖化酶、纤维素酶、α-淀粉酶[57]宏蛋白组学酱香型大曲(广西)溯源关键功能酶微生物来源高温大曲芳香化合物合成的2个关键酶源于曲霉属[59]宏蛋白组学中温大曲(四川泸州)溯源关键功能酶微生物来源检测到4种昆虫源的α-淀粉酶,证明适量曲虫对大曲淀粉糖化功能及白酒发酵的积极影响[61]宏蛋白组学酱香型大曲(贵州仁怀)解析大曲发酵阶段微生物群落的功能特征高温大曲发酵中,微生物蛋白质表达水平随进程上升,一次翻曲是曲层生态位分化关键节点[62]宏蛋白组学酱香型大曲(贵州仁怀)解析微生物群落功能与环境因子的动态关联储存后大曲功能主导权向细菌转移;季节因素通过改变枯草芽孢杆菌等微生物的表达影响大曲的功能[63]代谢组学酱香型大曲(贵州仁怀)解析不同颜色大曲风味物质差异高温大曲中白曲代谢物丰度最高,黑曲最低;其挥发性成分以芳香族化合物和吡嗪类为主,难挥发性成分富集有机酸与氨基酸[64]代谢组学酱香型大曲(贵州茅台镇)解析不同颜色大曲风味物质差异不同颜色大曲代谢物存在明显差异,其中黑曲的颜色形成主要与酶促褐变产物黑色素和美拉德反应产物类黑精有关[65]代谢组学酱香型大曲(贵州茅台镇)解析3种颜色大曲中美拉德反应产物的差异3种颜色大曲美拉德产物(呋喃类、吡嗪类和类黑精结构)的组成存在显著差异,黑曲中含有更多的美拉德产物[66]代谢组学浓香型大曲(四川成都)解析季节性大曲的代谢物差异夏季高温环境促进芽孢杆菌富集,主导吡嗪类烤香物质合成;冬季低温条件下酵母菌大量增殖,驱动酯类物质积累[67]代谢组学浓香型大曲(四川)解析大曲稀有类群代谢产物差异稀有类群与更多挥发性代谢物显著相关,尤其对吡嗪类和醇类物质的合成至关重要[68]代谢组学酱香型大曲(贵州茅台镇)解析大曲贮存阶段代谢物动态变化贮存前期小分子代谢产物的生物合成较为活跃,而后期代谢过程则以氨基糖代谢途径为主导[63]代谢组学高/中/低温大曲(贵州/四川/山西)解析不同类型大曲代谢物差异中温大曲中挥发性和非挥发性代谢物含量最高,高温大曲含量最低[70]代谢组学酱香型大曲(贵州)解析传统曲和机械曲之间差异代谢物精氨酸、四甲基吡嗪、丁酸等5种物质是区分传统与机械大曲的关键差异代谢标志物,其积累受到机械压制工艺的显著抑制[71]

注:本表选取了部分代表性研究进行详细列举,更多研究信息请参阅参考文献列表。

实际研究中,代谢组学与宏基因组学、宏蛋白质组学等联合应用成果颇丰。ZHU等[59]通过多组学证实伯胺氧化酶(primary amine oxidase,PrAO)和醛脱氢酶(aldehyde dehydrogenase,ALDH)在芳香化合物合成中的关键催化作用,鉴定出潜在功能基因,揭示了酱香型大曲芳香化合物合成机制,为精准调控芳香化合物生成提供了全新的研究方向。ZHANG等[47]结合宏转录组学与代谢组学,发现高产吡嗪菌株可通过调控微生物群落及代谢途径使吡嗪类物质含量提升24.50%。LIU等[46]整合宏基因组学、宏转录组学和代谢组学,阐明中温大曲活性微生物演替及功能形成机制。YANG等[63]借助多组学揭示储存期和季节对酱香型高温大曲微生态、代谢及蛋白表达的影响,为储存工艺优化提供依据。此外,在大曲发酵机制研究中,整合网络分析与多组学技术已成为解析复杂微生物互作机制的核心手段。组学技术提供微生物组成、功能基因及代谢物变化等多维数据支撑;网络分析则通过构建微生物共现网络、基因-代谢物关联网络等,系统揭示核心菌群互作模式及功能基因对代谢通路的调控机制。例如,WU等[74]通过宏基因组学鉴定微生物群落,再结合宏转录组学分析基因表达相关性,构建了温度依赖性的微生物互作网络,揭示芽孢杆菌与乳酸菌从竞争到协作的转化关系。

综上,多组学联合技术突破了单一组学技术的局限性,为深入理解发酵驱动机制及实现定向调控提供科学依据,但其应用过程中仍存在数据整合方法待完善、微生物与环境互作机制研究较浅等局限。未来,多组学将全链条解析大曲发酵过程,有望精准预测群落动态与环境响应,推动大曲生产从经验驱动向数据驱动转型,助力白酒产业绿色高质量发展。

3 挑战与展望

3.1 挑战

白酒大曲发酵前沿研究中,组学技术虽为解析发酵机制提供新视角,但仍面临数据处理、技术瓶颈及成果转化等多重挑战。数据层面,宏蛋白组学等多组学数据呈现高维异构特性,因数据分析算法、存储格式与生物学内涵上存在显著差异,导致数据整合难度大,难以建立精准、完整的发酵机制模型[75]。技术层面,各技术在实际应用中均存在局限性。如宏基因组学虽可有效解析微生物群落结构与功能,但存在计算和污染问题;宏转录组学能够动态监测微生物活性,却受制于严苛的样品制备条件与复杂的数据分析流程;宏蛋白质组学在研究微生物蛋白质表达谱时,缺乏统一的技术标准和数据解读规范;代谢组学虽能捕捉微生物生态系统的即时生理状态,但在代谢物鉴定灵敏度及多组学数据融合方面存在技术瓶颈[76]。此外,现有组学技术在检测灵敏度、分析通量等性能指标上仍有待突破。成果转化层面,因大曲开放式发酵环境复杂、温湿度波动大、原料成分不稳定及翻曲工艺致微生态变化[25],使实验室调控策略难适配工业化生产。此外,组学技术依赖的大型设备操作复杂、检测耗时长,难满足现场实时监测需求,如何突破转化壁垒是行业关键问题。

3.2 展望

为突破组学技术在白酒大曲发酵研究中的瓶颈,未来研究可从以下方向展开。在数据层面,着力开发适用于白酒大曲发酵研究的多组学数据整合分析方法[77]。结合机器学习、深度学习等[78-79]人工智能技术,建立标准化分析流程,提升数据挖掘效率,构建精准完整的发酵机制模型,深化发酵过程解析。技术层面,既要升级现有组学技术(如宏基因组学优化计算与污染控制、宏转录组学改进样品制备与分析流程、宏蛋白质组学建立统一标准与解读规范、代谢组学提升检测灵敏度与数据融合能力等),也要引入单细胞组学、空间组学、3D打印等[80-81]新兴技术在大曲研究中的应用,以实现对大曲发酵过程的精细化解析。成果转化层面,需构建“实验室-中试-工业化”一体化模式,通过产学研合作缩小理论与生产差距。同时依托关键生物标志物与代谢路径,研发高灵敏度、高特异性快速检测技术及设备(如生物传感器便携式装置)[82-83],结合智能控制系统实现发酵核心指标动态监测与精准调控,推动白酒大曲生产向智能化、精准化转型。

4 总结

从扩增子测序到代谢组学,组学技术的不断发展和应用,极大地推动了白酒大曲发酵机制的研究。单一组学技术在揭示微生物群落结构、挖掘功能基因、解析表达调控和追踪代谢产物等方面取得了丰硕成果,多组学联合应用更是深入阐释了发酵过程中的复杂机制。然而,目前组学技术在白酒大曲研究中仍面临数据处理、技术瓶颈和成果转化等诸多挑战。未来,随着技术创新和多组学整合策略的发展,组学技术将为白酒大曲发酵机制研究提供更强大的工具,助力白酒产业实现品质提升和智能化发展。

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Research progress of Baijiu Daqu based on omics technology

LIU Chunli1, XU Shugang1, ZHANG Erkang1, WEI Lulu1, WEN Yong1, REN Rong1, CHEN Mingxue1, HE Kaiping1, CHENG Pingyan1,2*

1(Guizhou Xijiu Co.Ltd., Xishui 564600, China)

2(College of Biotechnology, Jiangnan University, Wuxi 214122, China)

ABSTRACT As the core saccharification and fermentation agent in Baijiu production, the complex fermentation mechanism of Daqu involving multi-species microbial metabolism has always been a key research topic in the Baijiu brewing field.In recent years, omics technologies have provided important support for analyzing the fermentation mechanism of Daqu with their high-throughput and systematic advantages.Focusing on the problems existing in the current Daqu research as the breakthrough point, this article systematically expounds the research progress of frontier omics technologies, such as amplicon sequencing, metagenomics, macrotranscriptomics, metaproteomics, and metabolomics in the analysis of the Daqu fermentation mechanism.At the same time, it expounds the integration advantages and typical application cases of multi-omics joint technology in the research of Daqu fermentation.Finally, this article deeply analyzes the challenges faced by current omics technologies in the research of Baijiu Daqu fermentation and looks forward to future research directions, aiming to provide theoretical references for promoting basic research and industrial technology innovation in Baijiu Daqu fermentation.

Key words Daqu;amplicon sequencing;metagenomics;metatranscriptomics;metaproteomics;metabolomics

DOI:10.13995/j.cnki.11-1802/ts.044062

引用格式:刘春丽,徐书港,张二康,等.基于组学技术解析白酒大曲研究进展[J].食品与发酵工业,2026,52(9):380-391.LIU Chunli, XU Shugang, ZHANG Erkang, et al.Research progress of Baijiu Daqu based on omics technology[J].Food and Fermentation Industries,2026,52(9):380-391.

第一作者:硕士,工程师(程平言正高级工程师为通信作者,E-mail:1165838987@qq.com)

基金项目:贵州省科技计划项目(黔科合基础ZD [2025] 018)

收稿日期:2025-07-29,改回日期:2025-09-15