为探究青海不同地区传统发酵酸奶的代谢物差异及机制,该研究采用液相色谱-质谱联用非靶向代谢组学技术,研究了青海省不同地区牦牛酸奶的代谢物差异,并结合多元统计分析法和通路分析,以变量投影重要性(variable importance in projection, VIP)值≥1和P<0.05筛选显著差异代谢物。结果表明,青海玉树(Y)、果洛(G)、海北(B)、海南(N)4个地区的24份牦牛酸奶中共有显著差异代谢物325个,其含量组成以脂类和类脂分子、有机酸及其衍生物、有机杂环化合物为主,占总显著差异代谢物的67.40%。显著差异代谢物KEGG富集分析表明,共有186条代谢途径,以校正后P值筛选前30条代谢途径,其显著差异代谢物主要富集在代谢途径、辅助因子的生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢和昼夜节律、嘌呤代谢、氨基酸的生物合成、ABC转运体等途径中。青海省不同地区牦牛酸奶代谢差异机制不同,研究结果为提高传统发酵乳制品的品质提供理论依据。